3Dセキュア2.0では、契約しているクレジットカード発行会社にあらかじめ登録した通知先などで、認証用のワンタイムパスワードを受け取って本人認証をします。事前に登録したパスワードを入力する3Dセキュア1.0に比べ、3Dセキュア2.0にはパスワード忘れの心配がない点や、ワンタイムパスワードの利用によるセキュリティの向上といったメリットがあります。なおPayPayによると、従来の3Dセキュア1.0での認証は順次終了する予定とのことです。 PayPayはこれまでフィッシング詐欺などの不正利用対策で、2要素認証やeKYCなどを導入してきました。これらのセキュリティ施策により、PayPayの2021年における不正利用発生率は0.001％となり、クレジットカードでの不正利用発生率（0.047％）の500分の1以下になったとしています。
